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J. Phys. Colloques
Volume 45, Number C7, Septembre 1984
Workshop on "Water"Structure and Dynamics of Water and Aqueous Solutions : Anomalies and their Possible Implications in Biology |
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| Page(s) | C7-219 - C7-223 | |
| DOI | https://doi.org/10.1051/jphyscol:1984724 | |
Structure and Dynamics of Water and Aqueous Solutions : Anomalies and their Possible Implications in Biology
J. Phys. Colloques 45 (1984) C7-219-C7-223
DOI: 10.1051/jphyscol:1984724
MONTE CARLO SIMULATION OF WATER INTERACTION WITH GRAMICIDIN A TRANSMEMBRANE CHANNEL : HYDROGEN BOND ANALYSIS
S.L. Fornili1, M. Migliore1, D.P. Vercauteren2 et E. Clementi31 Physics Dept. and IAIF-CNR, Via Archirafi 36, I-90123 Palermo, Italy.
2 Laboratoire de Chimie Théorique Appliquée, Facultés Universitaires, Notre Dame de la Paix, Rue de Bruxelles 61, B-5000 Namur, Belgium.
3 IBM Corp., P.O. Box 390, Dept. D55, Bldg. 701-2, Poughkeepsie, New York 12602, U.S.A.
Résumé
La simulation, par la méthode Monte Carlo, de la structure conformationelle de molécules d'eau, dans et aux extrémités d'un canal transmembranaire du type Gramicidin A, nous permet de montrer la persistance de liaisons hydrogènes entre les molécules d'eau. Le même type d'analyse est ensuite appliqué au cas où différents cations monovalents sont placés dans une position fixée a l'intérieur du canal.
Abstract
The conformational structure of water molecules inside and close to the ends of the Gramicidin A transmembrane channel is examined by a statistical method which determines the persistence, over the Monte Carlo generated configurations, of hydrogen bonds among water molecules. The same kind of analysis is applied to results of simulation experiments in which monovalent cations are placed in a fixed position inside the channel.