SOLVENT NETWORKS IN NUCLEOTIDE CRYSTAL HYDRATES

Résumé
Nous savons que le solvant joue un rôle dans la stabilisation et les transitions des hélices d'acides nucléiques. Ici nous utilisons des techniques de simulation surordinateur pour étudier la structure de l'eau dans les cristaux d'acides nucléiques, ce qui permet une comparaison détaillée des structures prédites du solvant avec celles révélées par des moyens cristallographiques. Dans le but d'améliorer les prédictions des simulations, nous avons étudié l'utilisation des positions obtenues d'une part de façon expérimentale et d'autre part par calculs, des atomes d'hydrogène placés soit sur l'ensemble de la molécule du soluté soit seulement sur les groupes polaires de cette molécule en se servant de deux champs de forces différents pour les atomes du soluté.

Abstract
Solvent is known to play a role in stability and transitions of nucleic acid helices. We are using computer simulation techniques to study the structure and energetics of water at nucleic acid interfaces in crystals, which enables a detailed comparison of the predicted solvent molecules to be compared with well characterised experimental data from crystallographic studies. In an effort to improve the predictive power of computer simulation we have been studying the explicit use of both experimentally derived and calculated hydrogen atomic positions on either all solute atoms or on polar solute atoms alone using two different force fields for the solute atoms.